Enchanted Arms se déroule dans un monde imaginaire ayant vécu voilà 1000 ans un conflit dévastateur. A cette époque, les humains maitrisaient la magie et avaient réussi à l’apprivoiser pour donner naissance à des formes de vie appelées golem qui leur venaient en aide dans leur vie de tous les jours. Malheureusement, les créatures se rebellèrent et tentèrent de détruire leurs géniteurs au cours de la bien nommée guerre des golems. Sans que l’on sache vraiment comment, les hommes parvinrent à vaincre les golems et emprisonnèrent les plus dangereux d’entre eux, appelés golemsmaléfiques, en des endroits tenus secrets. Depuis lors, la magie a été abandonnée et seule en subsiste une discipline: l’enchantement. Grâce à ce dernier, les golems ont repris leur place dans la société mais un nouveau malheur s’apprête à s’abattre sur le monde.
L’histoire débute dans la salle de cours de l’Université des Enchanteurs située dans la cité de Yokohama. Alors que le professeur Kou fait un exposé sur le fonctionnement des golems, un élève dort dans l’amphithéâtre. Atsuma, c’est son nom, est alors apostrophé par Kou qui lui demande de se livrer à quelques travaux pratiques dans l’art du combat. Bien que peu assidu, l’élève aidé par son ami d’enfance Toya fait une démonstration de ses capacités qui impressionne le professeur. Il faut dire qu’Atsuma a une particularité bien étrange: son bras droit à le pouvoir de briser les sorts d’enchantement. Les autres élèves le craignent, mais le corps professoral sans doute intrigué par ses pouvoirs le tolère à l’université.